小儿疱疹性咽峡炎的发热时间因个体差异而异，通常为3-5天。免疫状态是影响发热时间的主要因素之一。
小儿疱疹性咽峡炎是由肠道病毒感染引起的急性上呼吸道感染，主要症状为发热、咽痛、咽峡部疱疹等。该疾病通常为自限性疾病，发热一般在3-5天内自行缓解，因为肠道病毒感染后，机体免疫系统会启动防御机制，通常在数日内清除病毒。若患儿存在免疫功能低下或存在并发症，如心肌炎、脑炎等，此时发热时间可能延长至1周以上。
在发热期间，应密切监测患儿的体温变化，避免过度劳累，保证充足的休息，以促进病情恢复。
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